Según la tradición, los padres de Apolonia no tenían descendencia a pesar de sus constantes oraciones a sus dioses. Finalmente la futura madre le pidió a la Virgen Santísima que interceda por ellos. Cuando la joven Apolonia conoció las circunstancias de su nacimiento, se hizo cristiana.Hacia el año 248,estalló una persecución a los cristianos por el pueblo pagano de Alejandría de Egipto, en el último año del reino del emperador Felipe. Los cristianos eran arrastrados fuera de sus casas y asesinados,y sus propiedades saqueadas. La persecución comenzó cuando un poeta de Alejandría profetizó desastre por la presencia de los cristianos a los que consideraba impíos por no adorar a los dioses.
San Dionisio, obispo de Alejandría,fue testigo de la muerte de Apolonia quien era para entonces una diaconesa de edad avanzada.
Relataba Dionisio:“Prendieron a la admirable virgen, anciana ya, Apolonia, a la que le rompieron a golpes todos los dientes y le destrozaron las mejillas -(por ésta causa es considerada la patrona de la odontología)- Encendieron una hoguera a la entrada de la ciudad y la amenazaron con abrasarla viva, si no repetía a coro con ellos las impías blasfemias lanzadas a gritos”.Apolonia les rogó que le dieran unos momentos de tregua, como si fuera a considerar su posición. Y decide arrojarse al fuego voluntariamente antes que ser obligada a blasfemar o seguir siendo torturada, y entonces añade Dioniso: “quedáronse los paganos boquiabiertos y conmocionados, al ver que aquella admirable mujer había sido más rápida en ir a la muerte que ellos en dársela.”