
Las fuerzas enemigas francesas,tomaron prisionero a Jerónimo, y fue encarcelado en un calabozo con cadenas en manos y pies. Y éste fue el golpe de gracia para su conversión.
Hasta entonces había llevado una vida muy mundana, pero en la soledad de la cárcel se dedicó a meditar en aquellas palabras de Jesús:¿De qué le sirve a un hombre ganar todo el mundo, si se pierde a sí mismo?.
Y se propuso dedicar su vida entera y todas sus energías a tratar de conseguir su propia santificación y la salvación de muchos otros.
Estando en la tenebrosa prisión, y viendo que humanamente no tenía remedio para aquella aflicción, se dedicó a rezar con toda fe a la Santísima Virgen María para que le consiguiera de Dios su pronta liberación. Y he aquí que de la manera más inesperada son quitadas las cadenas de sus manos y de sus pies y logra salir sin que los guardianes se le opongan. .
En 1531 se propagó por Italia la terrible peste del cólera. Jerónimo vendió todo lo que tenía, y se dedicó a atender a los enfermos más abandonados. El mismo tenía que cavarles las sepulturas y llevarlos al cementerio, porque casi nadie se atrevía a acercárseles, por temor al contagio. También él se contagió de la terrible enfermedad, pero por favor de Dios logró curarse.Miles y miles de niños pobres quedaron huérfanos y desamparados, por la muerte de sus padres en la epidemia de cólera. Entonces Jerónimo se dedica a recogerlos y a proporcionales alimento, vestido, hospedaje y educación, todo totalmente gratis. Y como muchas mujeres ante la absoluta miseria se han dedicado a la prostitución, entonces el santo funda una Casa para mujeres arrepentidas y allí aprenden costura, bordados y otras artes para ganarse la vida honestamente.Fundó La congregación religiosa llamada "Servidores de los pobres", pero en recuerdo al sitio donde se efectuó su fundación, ahora se llama la Comunidad de los Padres Somascos. En la actualidad tienen unas 75 casas en el mundo con unos 500 religiosos, y se dedican preferencialmente a educar niños desamparados.
Las gentes decían que la vida de Jerónimo Emiliani estaba toda hecha de Caridad.Nadie que viniera a pedirle un favor quedaba sin ser atendido. Lo llamaban "el paño de lágrimas" de los que sufrían y lloraban. Dios premiaba su oración, su caridad y su sacrificio, permitiéndole obrar frecuentes milagros.
Volvió a propagarse la peste del cólera y San Jerónimo volvió a dedicarse a curar enfermos, a llevarles alimento y vestidos y a enterrar personalmente a los muertos llevándolos sobre sus hombros. Pero se contagió de la violenta enfermedad y en pocos días estuvo agonizante.Cuando apenas tenía 56 años de edad, murió santamente el 8 de febrero de 1537. Después de muerto hizo numerosos milagros.
La frase de Jesús que animaba a San Jerónimo para dedicarse al apostolado: "Todo el que reciba a un niño en mi nombre, me recibe a Mí. Quien regale aunque sea un vaso de agua, en razón a que es discípulo mío, no quedará sin recompensa. Todo el bien que habéis hecho a los demás, aun a los más humildes, lo recibo como si me lo hubierais hecho a Mí personalmente" (Mt. 25,40).