Isidro es de origen humilde, nacido en una familia campesina muy pobre, pero rica en fe. Se cría desde pequeño en el amor de Dios; sus mayores le enseñan a identificarse con el pueblo, con los niños, con los desvalidos, con los que sufren hambre de pan y de espíritu.Se quedó huérfano a muy temprana edad, lo que hizo aún más necesario que empezara a trabajar como jornalero agrícola siendo apenas un niño. San Isidro fue labrador la totalidad de su vida, hasta su muerte, que se produjo a la avanzada edad de 90 años.
Se casó con Santa María de la Cabeza, a la que conoció en su estancia en Torrelaguna, localidad a la que llegó huyendo de Madrid, que había sido conquistada por los almorávides. María e Isidro tuvieron un hijo, al que se después se conocería como San Illán.
Cuando San Isidro regresó a Madrid, entró a trabajar como jornalero agrícola al servicio de Iván de Vargas, importante señor medieval de la familia de los Vargas, uno de los linajes más antiguos de Madrid. Estableció su morada en los aledaños de la Casa Palacio de los Vargas, junto a la Iglesia de San Andrés, donde oía la misa del alba todas las mañanas antes de salir a trabajar las tierras de su amo, que estaban al otro lado del Río Manzanares y a las que se llegaba cruzando el Puente de Segovia.
Murió en 1172. Isidro, como pobre de solemnidad que era, fue enterrado muy humildemente, dentro de una tosca caja de madera sin cepillar, en el cementerio de su parroquia, San Andrés, en Madrid.Cuarenta años después, en 1212 fue descubierto, por revelación divina, su cuerpo incorrupto.
Hay un relato que nos dice que en un año de sequía y temiendo por la rentabilidad de la hacienda de su patrón, Isidro con un golpe de su arada hizo salir un chorro de agua del campo. Salió tanta agua de allí que pudo abastecer toda la ciudad de Madrid.
Durante toda su vida de labrador tuvo un gran aprecio con los animales (los bueyes y los otro animales de la hacienda),a quienes trataba amorosamente.