Nació en L`Hautecour, pequeña aldea de Verosvres, en Borgoña, Francia en el año 1647.A los 8 años de edad, al perder a su padre, quien era caballero de la corte, Santa Margarita María fue internada en una pensión de monjas clarisas.
Dos años después le acometió una extraña enfermedad que la mantuvo paralítica mucho tiempo. Sin embargo, cuando cumplió 14 años, un día amaneció completamente curada de manera milagrosa.
Margarita amó siempre la oración, el silencio y la soledad, pero a partir de entonces empezó a tener visiones, las cuales venían acompañadas de voces que ella oía y que la conminaron a consagrarse a una orden.A los 24 años, en 1671, ingresó pues al convento de Paray-le-Monial, de la Orden de la Visitación fundada por San Francisco de Sales, donde adquirió también el nombre de María.
En 1673, al estar adorando el Santísimo Sacramento, fue la primera vez que Santa Margarita María de Alacoque tuvo una manifestación visible de Jesús, lo cual se repitió durante dos años los primeros viernes de cada mes.
En 1675, en su visión Jesús tenía el corazón abierto, y Él le dijo: “Éste es el corazón que tanto ha amado a los hombres… Y en reconocimiento no recibo de la mayoría sino ingratitud.”
Estas apariciones fuera de lo común le trajeron al principio la incomprensión de sus superioras y las burlas de sus hermanas. No obstante, ella reafirmó su apostolado del Sagrado Corazón, buscando que se estableciera una fecha para venerarlo.
No fue sino hasta años más tarde, encontrándose bajo la dirección espiritual del jesuita San Claudio de la Colombière, que éste confirmó la veracidad de las experiencias místicas.
El Corazón de Jesús le dijo: "Si quieres agradarme confía en Mí. Si quieres agradarme más, confía más. Si quieres agradarme inmensamente, confía inmensamente en Mí".
Antes de morir obtuvo que en su comunidad se celebrara por primera vez la fiesta del Sagrado Corazón de Jesús.
El 17 de octubre de 1690 murió llena de alegría porque podía ir a estar para siempre en el cielo al lado de su amadísimo Señor Jesús, cuyo Corazón había enseñado ella a amar tanto en este mundo.