Hacia del año 328 (es decir, con 16 años), se unió a la comunidad monástica de Pacomio. Poco tiempo después su madre se presentó ante el monasterio con cartas de los obispos vecinos para devolver a Teodoro a su casa, y exigió hablar con Teodoro. Pacomio se sintió en principio inclinado a obedecer las cartas de los obispos y despedir a Teodoro, pero se negó a decidir por sí solo, y mandó a Teodoro hablar con su madre; finalmente permaneció en el monasterio.
Por su estricta obediencia e imitación de Pacomio, Teodoro adquirió con los años la especial confianza del fundador, por lo que cuando Teodoro tenía veinte años, Pacomio le encargó la catequesis de la oración de la tarde, lo que provocó protestas de muchos monjes mayores que él. Por último Pacomio lo nombró abad de Tabennesi. Pacomio murió en mayo del 346, en una grave epidemia, y nombró en su lecho de muerte a Teodoro como su sucesor,sus últimas palabras fueron para Teodoro, a quien pidió que lo enterrara en un lugar secreto del desierto.Allí permaneció hasta el dia que murió, un miércoles de Pascua, 27 de abril del año 368.