A la muerte de Enrique de Sully, arzobispo de Bourges, el clero de la ciudad pidió a Eudo, obispo de París, que le ayudase a elegir un pastor. Como todos querían a un abad del Cister, depositaron sobre el altar el nombre de tres abades. Esta elección por sorteo hubiera sido una superstición, si los electores hubieran esperado un milagro. En realidad era muy razonable, ya que todas las personas propuestas para el cargo parecían igualmente dotadas, y se encomendaba la elección a Dios, poniendo toda la confianza en su Providencia. Después de haber orado, Eudo leyó el nombre de Guillermo, a quien, por otra parte, habían favorecido casi todos los votos de los presentes. Era el 23 de noviembre del año 1200. La noticia abrumó a Guillermo, quien jamás hubiera aceptado el cargo, si el Papa Inocencio III y el abad de Citeaux, no se lo hubieran mandado. Guillermo abandonó la soledad con lágrimas en los ojos, y fue consagrado poco después.
El primer cuidado de San Guillermo fue elevar su vida interior y exterior a la altura de su dignidad, pues estaba persuadido de que el primer deber de un hombre es honrar a Dios en su corazón. Redobló, pues sus penitencias, dicien do que su cargo le obligaba a sacrificarse por los otros tanto o más, que por sí mismo. Bajo el hábito religioso llevaba una áspera camisa, y ni en el invierno, ni en el verano, cambiaba de manera de vestir. Jamás comía carne, aunque sus huéspedes encontraban buena mesa en su casa. Se preocupaba especialmente por los pobres, a quienes prestaba socorro espiritual y material, pues decía que Dios le había enviado sobre todo para ellos. Era muy indulgente con los pecadores arrepentidos; en cambio se mostraba inflexible con los impenitentes, aunque nunca invocó contra ellos el poder civil, como se acostumbraba entonces. Tal actitud le ganó más de una conversión. Algunos nobles, abusando de su bondad, usurparon los derechos de su iglesia; pero Guillermo no se amilanó ante la amenaza de confiscación de bienes y llevó el caso ante el rey. Su humildad y paciencia triunfaron en varias ocasiones de la oposición de su capítulo y su clero. Guillermo convirtió a muchos albigenses, y su última enfermedad le sorprendió cuando estaba preparando una misión para esos herejes. A pesar de su padecimiento, decidió predicar un sermón de despedida. Esto hizo que la fiebre aumentara y que Guillermo tuviese que posponer su viaje. La noche siguiente, previendo que se acercaba el fin, Guillermo insistió en adelantar el canto de los nocturnos, que tiene lugar a medianoche; pero, habiendo trazado sobre sus labios la señal de la cruz, sólo pudo pronunciar las dos primeras palabras. Entonces dio la señal a los presentes de que le colocaran sobre un lecho de ceniza, y murió al amancer del 10 de enero de 1209. Su cuerpo fue sepultado en la catedral de Bourges. En 1217, después de numerosos milagros, sus restos fueron depositados en un relicario.