Aquí, con buena biblioteca, se entregó al estudio de la teología. Debido a su virtud, lo nombraron prior del monasterio de Santa María de Cañas. Creció el monasterio en libros, ornamentos para la liturgia y códices.
El rey Sancho de Navarra estaba por entonces metido en guerras. Y , en estas circunstancia, no apoyaba a los monasterios como lo hacía en momentos de paz.
Es más, por las exigencias de Domingo, tuvo que ser desterrado a otros lugares y se le exigieron derechos reales, cosa que no había ocurrido antes. Tuvo que ser destituido de su cargo.
En vista de que las cosas no le iban bien con el rey de Navarra, se fue a los reyes de Castilla. Estos le ofrecieron todos los parabienes de que era objeto el abad del monasterio.
El bueno de Domingo le pidió al rey de Castilla solamente un recinto en el cual pudiera llevar una vida tranquila y en paz consigo mismo.
A principios del año 1041 el monasterio de san Sebastián de Silos estaba casi abandonado. Los monjes se dedicaban a vegetar y a no hacer nada de provecho en favor la gente. Entonces el rey de Castilla intervino bajo las órdenes del Cid Campeador y le encomendó a Domingo la restauración de Silos..
Hasta tal punto llegó la restauración que la Iglesia románica se ha convertido en una de las más bellas del camino de Santiago.
Cuando tenía 72 años su cuerpo estaba agotado de tanto trabajo. Murió un viernes del día 20 de diciembre del año 1073.