Nacido con el nombre de Francisco de Jassu y Xavier Azpilicueta, San Francisco Javier fue el menor de cinco hermanos.
Su infancia estuvo signada por la guerra entre Castilla y Navarra, que terminó con la anexión de este reino, en la cual sus hermanos pelearon y fueron derrotados.
Hacia 1525, San Francisco Javier se encontraba estudiando en París. En esos años, en la pensión estudiantil, conoció a Pedro Fabro y a otro estudiante de mayor edad, Ignacio de Loyola.
A través de esta amistad, San Francisco Javier fue uno de los padres fundadores de la Compañía de Jesús en 1534. Tres años más tarde, él y San Ignacio de Loyola fueron ordenados sacerdotes en Venecia, y San Francisco Javier ocupó el cargo de primer secretario de la Orden.
San Francisco Javier comenzó su destacada vida misionera como enviado del papa Pablo III y del rey de Portugal, Juan II, vía Mozambique, a Goa, la colonia portuguesa en el oeste de la India, donde tuvo un éxito sobresaliente.
Cuatro años más tarde, en 1545, empezó a extender su labor evangélica más allá de la India continental, llegando a las islas Molucas y a las islas del archipiélago malayo.
A finales de esa década, cuando los europeos habían llegado por primera vez a Japón, San Francisco Javier decidió viajar allá para fundar la primera comunidad de cristianos, lo cual logró, no sin numerosas dificultades, con ayuda de tres japoneses que había conocido y bautizado en Goa.
La comunidad se estableció en Kagoshima, y a pesar de que le fue negada la entrevista con el emperador nipón en Kyoto, su misión logró convertir y bautizar a más de un millar de personas.
Siempre buscando llevar cada vez más lejos el mensaje de Jesús, en 1552, nombrado ya Provincial de la Orden, se propuso iniciar la evangelización de China.
El grupo que él comandaba llegó a la isla de Shang Chuan, frente a Cantón. Ahí, en espera de una barca que los llevara hasta el importante puerto chino, San Francisco Javier contrajo una enfermedad fulminante, y falleció ahí, a los 46 años de edad.Ha sido llamado: “El gigante de la historia de las misiones”. Cuando más tarde quisieron llevar sus restos a Goa, encontraron su cuerpo incorrupto y así se conserva.