A los tres años de edad, el pequeño Juan de Yepes Álvarez quedó huérfano de padre, y su madre se vio obligada a trasladarse a distintos lugares antes de llegar a Medina del Campo, donde se establecieron en 1551.
Debido a su ingenio e inteligencia, puede estudiar en el Colegio de los Niños de la Doctrina, y posteriormente en un instituto jesuita. Gracias a estos estudios, el futuro San Juan de la Cruz adquirió una sólida formación impregnada del Humanismo cristiano, pensamiento muy vigoroso en esa época.
En 1563 en Medina, vistió el hábito de los Carmelitas, adoptando el nombre de Juan de San Matías; ordenado sacerdote en 1567, luego de celebrar su primera misa, conoció a Teresa de Cepeda y Ahumada, quien habría de ser Santa Teresa de Jesús.
Este encuentro fue crucial para San Juan, pues Santa Teresa consiguió unirlo a su movimiento de reforma de la Orden, buscando una rama de Carmelitas Contemplativos, que después se volvió de Carmelitas Descalzos.
Lo que ambos se propusieron fue regresar a los principios de pobreza y humildad que guiaron la fundación de la congregación. Sin embargo, estos propósitos de austeridad encontraron la oposición de los llamados Carmelitas Calzados.
Ese año San Juan se trasladó a Salamanca para estudiar en la Universidad teología y filosofía. Pero en 1568 abandonó la ciudad para seguir a Teresa a Valladolid, a su fundación femenina. En noviembre, en Duruelo, Juan de San Matías fundó el primer convento de Carmelitas Descalzos, y en esa ceremonia cambió su nombre por el de Juan de la Cruz.
En los años siguientes desempeñó diversos cargos, de prior a maestro de novicios a rector de un colegio, pero en 1572 Santa Teresa lo invitó a Ávila, donde fungió como vicario y confesor de las hermanas en el Convento de la Encarnación, donde permaneció cinco años.
Durante este tiempo, los Calzados habían elaborado todo un proceso ante los tribunales eclesiásticos, y en 1578 San Juan de la Cruz fue apresado por orden de los carmelitas de Toledo para que se retractara de las reformas.
Como se negó, fue encerrado en una celda. Y durante este cautiverio de casi un año, San Juan de la Cruz se reveló como uno de los más notables poetas de nuestra lengua. Ahí fue donde comenzó a escribir su Cántico espiritual.
Finalmente, San Juan de la Cruz consiguió escapar de su prisión, y prosiguió con sus labores reformistas. El conflicto terminó por resolverse con la separación de la Orden en dos ramas.
Los siguientes años ocupó distintos cargos dentro de la congregación de Descalzos, y realizó numerosos viajes por toda la Península. Propuso, incluso, dirigir una misión evangélica a la Nueva España, el actual México, pero por motivos de salud se retractó.
En 1590, San Juan de la Cruz cayó en una nueva disputa con el asunto de la Orden, de la que no salió bien librado. Enfermo ya desde Segovia, y refugiado en un monasterio en los montes de Úbeda, falleció a los 49 años de edad.