Nació en el castillo de Reska, cerca de Nádasd, en Hungría,en el año 1044.Como los daneses al mando del rey Canuto habían ocupado Inglaterra, el rey inglés Edmundo Ironside envió a su hijo, conocido por ello como Eduardo Outremere, o Eduardo el Exilado, a Hungría, donde contrajo matrimonio con Agatha, hermana del rey húngaro.De esta unión nació Santa Margarita. Cuando su tío Eduardo el Confesor recuperó el trono, a partir de 1057 ella se educó en la corte inglesa.A la muerte del monarca, empero, el conde normando Guillermo el Conquistador reclamó para sí el trono, que Edgar Athaling, el hermano de Santa Margarita, no pudo retener.Después de la batalla de Hastings, en 1068, Santa Margarita huyó a Escocia, donde se casó con Malcolm III, rey escocés, uno de los hijos de aquel rey asesinado por MacBeth, que por sus crueles venganzas obtuvo el sobrenombre de El Sanguinario.
Como reina, Santa Margarita de Escocia destacó por su entrega a la causa de la religión y a la piedad por los más pobres. Los cultos druidas de los celtas disminuyeron notablemente gracias a su labor devota.
Fundó varias iglesias, la más importante de las cuales es la Abadía de Dunfermline. Su amorosa influencia calmó sin duda el iracundo carácter de su esposo, con el cual procreó seis varones y dos mujeres.
Santa Margarita se preocupó especialmente por que los huérfanos y los menesterosos recibieran alimento y amparo, y en ningún momento cejó su fidelidad a la Iglesia.
Al enterarse de la muerte de Malcolm y de su primogénito, Eduardo, en la batalla de Alnwick, en 1093, Santa Margarita desfalleció, y murió desolada en Edimburgo unos días más tarde. El pueblo la lloró sobremanera, pues fue una reina muy querida.