San Calixto I nació esclavo, aunque su familia era originaria de Grecia. Se sabe que su padre se llamaba Domicio, y que San Calixto no se convirtió al cristianismo sino hasta pasada su juventud.
Al estar sirviendo a un funcionario cristiano del emperador Cómodo, San Calixto fue acusado injustamente de un delito, y en consecuencia lo condenaron a un exilio de trabajos forzados en la isla de Cerdeña.
Luego de tres años de purgar su condena, en 190 el futuro papa fue liberado gracias a una concubina del emperador, quien abogó por prisioneros tratados injustamente.Su fama de bonhomía debe haber sido notable, pues el papa Víctor I le otorgó una pensión y un cargo en Antium, la actual Anzio, 50 kilómetros al sur de Roma.
El siguiente papa, Ceferino, mandó llamar a San Calixto como su ayudante personal. Le encomendó la administración del cementerio cristiano que había entonces en la Vía Appia. Ese lugar cambió de nombre, y hasta la fecha se conoce como las Catacumbas de San Calixto.
Al fallecer Ceferino, San Calixto I fue electo como su sucesor, no obstante que su origen era de esclavo liberado, en el año 217.
En su pontificado, San Calixto I prefirió actuar con base en la misericordia y el perdón, más que en la exclusión y en la rigidez. Esto le valió numerosas críticas y enemigos, pero él siempre fue firme en valorar el arrepentimiento de quienes lo manifestaran.
A San Calixto I le correspondió enfrentarse y combatir a diversas herejías. Sus detractores eventualmente lo denunciaron ante las autoridades del emperador Alejandro Severo.
En prisión, San Calixto I fue martirizado, y falleció luego de haber recibido una tunda de bastonazos,en el año 222. Su cuerpo fue arrojado a un pozo, sobre el cual se encuentra actualmente la iglesia de Santa María en Trastevere.
La tumba de San Calixto I, edificada probablemente durante el papado de Julio I (337-352), fue descubierta en 1960 en la Vía Aurelia de Roma.