Nació en Bohemia (Checoslovaquia) hacia el año 1340, en un pueblo llamado Nopomuc, de ahí el sobrenombre Nepomuceno. Fue párroco de Praga y obtuvo el doctorado en la Universidad de Padua. Después ocupó el alto puesto de Vicario General del Arzobispado.
El rey de Praga, Wenceslao, se dejaba llevar por dos terribles pasiones, la cólera y los celos y dicen las antiguas crónicas que siendo Juan Nepomuceno confesor de la reina, se le ocurrió al rey que el santo le debía contar los pecados que la reina le había dicho en confesión, y al no conseguir que le revelara estos secretos, se propuso matarlo. Luego el rey tuvo otro gran disgusto, consistió en que el monarca se proponía apoderarse de un convento para regalar las riquezas que allí había a un familiar. El Vicario Juan Nepomuceno se opuso a esto rotundamente, ya que evidentemente esos bienes pertenecían a la Santa Iglesia. El rey mandó matar al padre Juan; lo ataron doblado, con la cabeza pegada sobre los pies, y luego, fue lanzado al río Moldava desde el Puente de Carlos.Es considerado primer santo en alcanzar el martirio por no violar el secreto de confesión, lo cual le ha valido varios patronatos y protectorados que veremos al final del artículo.Esto ocurrió en el año 1393. Los vecinos recogieron el cadáver para darle santa sepultura.
En 1725, más de 300 años después del suceso, una comisión de sacerdotes, médicos y especialistas encontarron que la lengua del mártir se encontraba incorrupta, aparentemente seca y gris. De repente, en presencia de todos empezó a tomar apariencia de ser la de una persona viva. Todos se pusieron de rodillas ante este milagro. Fue el cuarto milagro que realizó el santo antes de ser proclamado oficialmente como tal.
San Juan Nepomuceno fue considerado patrono de los confesores, porque prefirió morir antes que revelar los secretos de la confesión. En Praga, en el puente desde el cual fue echado al río, se conserva una imagen de este gran santo, y muchas personas, al pasar por allí le rezan devotamente.